За период службы на Тихоокеанском флоте с 1976 по 1999 год вице-адмирал Василий Кондаков прошел должности от помощника начальника расчета в береговой части до командира дивизии атомных подводных лодок.
1977-1978 гг. - инженер ракетной боевой части атомной подводной лодки.
1978-1982 гг. - командир БЧ-2 атомной подводной лодки.
1982-1983 гг. - слушатель командного факультета высших специальных офицерских классов ВМФ.
1983-1985 гг. - старший помощник командира атомной подводной лодки.
1985-1988 гг. - командир атомной подводной лодки ТОФ.
1988-1990 гг. - обучение на командном факультете Военно-Морской Академии.
1990-1992 гг. - заместитель командира дивизии подводных лодок ТОФ.
1992-1994 гг. - заместитель начальника оперативного отдела штаба Камчатской флотилии ТОФ.
1994 г. - командир дивизии подводных лодок ТОФ.
1994 -1996 гг. - обучение в Академии Генерального штаба ВС РФ.
1996-1999 гг. - командир дивизии подводных лодок ТОФ
1999-2002 гг. - начальник учебного центра подготовки экипажей атомных подводных лодок в г. Обнинске.
2002-2005 гг. - начальник управления боевой подготовки ВМФ.
В сентябре 2005 г. назначен на должность заместителя командующего Черноморским флотом.
Награжден ведомственными наградами ВС РФ.
Женат, имеет дочь и сына.